Drugi biskup nadzoruje budowę Notre-Dame
W 1196 roku umarł biskup Maurice de Sully, pomysłodawca budowy Notre-Dame. Na funkcji biskupa, jak i nadzorcy wznoszenia katedry, zastąpił go Eudes de Sully (zbieżność nazwisk przypadkowa). Nowy biskup czuwał nad ukończeniem transeptów oraz kontynuował prace nad nawą aż do 1208 roku, w którym zmarł.
W momencie śmierci biskupa zachodnia fasada Notre-Dame była już w znacznym stopniu zbudowana, jednak nie ukończono jej niemal do połowy XII wieku. W latach 1225-1250 udało się jeszcze zbudować górną galerię nawy oraz dwie wieże na zachodniej fasadzie.
Znaczące zmiany w budowie
W połowie XIII wieku transepty przebudowano w najnowszym stylu Rayonnanta – charakteryzował się on większym zainteresowaniem dwuwymiarowymi powierzchniami i powtarzaniem motywów dekoracyjnych w różnych skalach, zamiast charakterystycznego dla gotyku wykorzystaniu wielkiej skali i przestrzennego racjonalizmu.
Jean de Chelles w późnych latach 40. XII wieku dodał szczytowy portal do północnego transeptu, który zwieńczył efektownym oknem różanym. Podobny schemat od 1258 roku wykonywał Pierre de Montreuil na południowym transepcie. Oba transepty łączyło także bogate zdobienie rzeźbami, przedstawiającymi m.in. sceny z życia św. Szczepana i lokalnych świętych oraz niemowlęctwo Chrystusa.
Kolejne innowacje w katedrze
W XIII wieku w budowie Notre-Dame pojawiła się kolejna innowacja: przypory, dzięki którym ciężar dachu był przenoszony przez żebra sklepienia całkowicie na zewnątrz konstrukcji. Dzięki temu ściany Notre-Dame mogły być wyższe, cieńsze i ze znacznie większymi oknami.
Pierwsze przypory w XIV wieku zastąpiono większymi i silniejszymi.
Już w 1323 roku John z Jandun w Traktacie o pochwałach Paryża uznał katedrę Notre-Dame za jeden z trzech najważniejszych paryskich budynków.
Zniszczenia i odbudowy
W 1548 roku hugenoci zniszczyli niektóre posągi Notre-Dame, uważając je za bałwochwalcze. Katedra przeszła też liczne zmiany za czasów panowania Ludwika XIV i Ludwika XV – miały one na celu dostosowanie jej do klasycznego stylu, charakterystycznego dla tego okresu.
Usunięto wiele witraży z XII i XIII wieku, zastępując je białymi szklanymi oknami, co dało więcej światła we wnętrzu kościoła. Przebudowano też w znacznym stopniu mur.
W 1786 roku zniszczono pochodzący z 1413 roku ogromny posąg św. Krzysztofa, który stał przy filarze w pobliżu zachodniego wejścia. W drugiej połowie XVIII wieku usunięto też iglicę, którą wcześniej zniszczył wiatr.
