Łódzki Biobank współtworzy Regionalne Centra Medycyny Cyfrowej

Agencja Badań Medycznych ogłosiła utworzenie osiemnastu Regionalnych Centrów Medycyny Cyfrowej. Dzięki nim powstanie infrastruktura umożliwiająca cyfryzację badań klinicznych, wykorzystanie badań medycznych dla nauki oraz bezpieczne przechowywanie i gromadzenie danych w jednolitym formacie.

Stajemy się partnerami na co najmniej osiem lat, zostaliśmy zaproszeni do współpracy zarówno przez Szpital im. Kopernika w Łodzi jak i przez Uniwersytet Medyczny w Łodzi – mówi prof. Dominik Strapagiel, kierownik Pracowni Biobank w Katedrze Biologii Nowotworów i Epigenetyki na Wydziale Biologii i Ochrony Środowiska Uniwersytetu Łódzkiego. – W przypadku pierwszego wniosku jesteśmy jedynym konsorcjantem i w całości odpowiadamy za obszar biobankowania, gdzie będziemy też wytwarzać cenne zbiory danych o potencjale naukowym.

Stworzenie Regionalnych Centrów Medycyny Cyfrowej ma służyć integracji danych zbieranych w poszczególnych ośrodkach, wsparciu badań klinicznych i opieki szpitalnej w zakresie rozwiązań cyfrowych, a także analizie retrospektywnej. Z kolei w ramach poszczególnych Centrów powstanie zaplecze pozwalające na analizę uzyskanych próbek biologicznych.

Każdy projekt, który będzie realizowany przez Agencję Badań Medycznych będzie narzucał na Regionalne Centra obowiązki takie jak: zabezpieczenie materiału medycznego od pacjentów, łącznie z danymi opisującymi tego pacjenta, czy to na poziomie obrazów wykorzystanych w diagnostyce, czy też danych genomowych. A całość będzie dostępna dla nauki – dodaje prof. Dominik Strapagiel. – Ma to spowodować, że efekty jednych projektów, będą pracować na rzecz kolejnych. Chodzi o to, żeby życie próbki było dłuższe niż dotychczas i żeby dane można było wielokrotnie wykorzystywać zadając różne pytania badawcze. Dzięki temu za każdym razem nie trzeba będzie gromadzić kolejnych materiałów, co stanowi w badaniu dużą oszczędność czasu i funduszy.

Regionalne Centra Medyczne będą gromadzić dane pochodzące między innymi z badań molekularnych nad nowotworami, monitorować przebieg kliniczny danej choroby, jak i rozwój innowacyjnych technologii.

W momencie kiedy mamy jasne reguły przechowywania danych: jakie dane są przechowywane, gdzie są przechowywane, kto jest odpowiedzialny za ich przechowywanie, mamy też jasne reguły jak zapewnić im bezpieczeństwo – tłumaczy dr Michał Seweryn, kierownik Centrum Analiz, Modelowania i Nauk Obliczeniowych, Uniwersytet Łódzki, Pracowania Biobank. – W tej chwili dane są przechowywane w różnych systemach, różniących się między szpitalami, a to oznacza, że systemy te nie są ze sobą kompatybilne. Bywa też, że dane nie są właściwie zabezpieczone, a trzeba pamiętać, że dane medyczne to nasze najbardziej wrażliwe dane. W Regionalnym Centrum Medycyny Cyfrowej bierzemy na siebie nie tylko odpowiedzialność gromadzenia danych, ale także zabezpieczenia ich na najwyższym poziomie.

Doktor Michał Seweryn wymienia również zyski dla pacjenta: - Po pierwsze nie będzie on musiał pamiętać o wszystkich badaniach, które miał wykonane w przeszłości i chodzić do lekarza z plikiem dokumentów, wyników badań i wypisów ze szpitala, to wszystko lekarz będzie mógł sprawdzić w bazie danych. Do analizy tych informacji będzie można z powodzeniem wykorzystać sztuczną inteligencję. Po drugie pacjent będzie miał pewność, że jego wrażliwe dane są odpowiednio chronione - wyjaśnia.

Pracownia Biobank, Uniwersytetu Łódzkiego angażuje się w tworzenie dwóch Regionalnych Centrów Medycyny Cyfrowej.

W obu przypadkach, zarówno przy współpracy ze Szpitalem im. Kopernika, jak i z Uniwersytetem Medycznym, będziemy pełnić funkcję biobanku – wyjaśnia prof. Dominik Strapagiel. – W pierwszym przypadku będziemy jedyną jednostką biobankującą, w drugim zajmiemy się tak zwaną grupą pacjentów wolontariuszy, pozostałymi pacjentami będzie się zajmował biobank Uniwersytetu Medycznego. Każdy z projektów opiewa na blisko 30 milionów złotych z puli Agencji Badań Medycznych. W ramach obu projektów będziemy wzmacniać i rozbudowywać infrastrukturę służącą do biobankowania materiału genetycznego, zarówno poprzez zamrażarki niskotemperaturowe, dewary gdzie w oparach ciekłego azotu możemy przechowywać tkanki. Wzmocnimy też infrastrukturę informatyczną, bo gromadzenie takiej ilości danych zajmuje znaczącą przestrzeń.

W Polsce istnieje niewiele poważnych repozytoriów danych związanych z medycyną, które służą nauce. Baza danych, którą stworzymy może być interesująca nie tylko dla naukowców w Polsce – zauważa prof. Dominik Strapagiel.

Jeden z projektów, które będą realizowane w Łodzi przez Biobank UŁ, zakłada stworzenie bazy danych genomicznych i obrazowych, opisującej dużą pulę pacjentek zagrożonych, bądź chorujących na raka piersi.

Chcielibyśmy stworzyć modele, czyli algorytmy, które będą wspierać diagnostykę na najwyższym poziomie – dodaje dr Michał Seweryn. – Projekt będzie polegał na przebadaniu populacji ośmiu tysięcy kobiet zagrożonych rakiem piersi, a także tych, u których wykryto już nowotwór, jak również pacjentek, które są już leczone. Działamy w oparciu o dane molekularne i łączymy to w jedną bazę danych z danymi szpitalnymi, obrazowymi, genetycznymi, epigenetycznymi, immunologicznymi itd. Na tej podstawie będziemy budować algorytmy, które mają wspierać monitorowanie zagrożenia rakiem piersi wśród kobiet, ale także będą wspierać leczenie.

Ten zbiór danych będzie służył zespołom badaczy w całej Polsce, ma być początkiem kolejnych projektów, które będą ten zbiór danych dalej rozwijać. W przyszłości z danych będą mogli korzystać również naukowcy z Europy i świata.

Symboliczne wręczenie czeku na realizację Regionalnych Centrów Medycyny Cyfrowej we współpracy z Uniwersytetem Medycznym w Łodzi zaplanowane jest na 10 października 2023 roku.